两年前，一位名叫雪儿的人类科学家带着她的电子精灵帕西和反抗军，前往了传说中赤色战神所沉睡之地。面对着新·阿卡迪亚士兵的迫胁，雪儿不得已使用帕西的力量唤醒了赤色战神，在赤色战神的帮助下，雪儿成功地安全返回反抗军基地。就此，赤色战神加入了反抗军，对峙新·阿卡迪亚的四天王和暴君Copy-X，最终，赤色战神击溃Copy-X，雪儿及反抗军逃离此地...
在赤色战神选择和雪儿走不同道路的一年后，虽说他仍然对抗着新·阿卡迪亚士兵，但这些战斗对他来说早已失去意义。赤色战神认为，只有找到雪儿和反抗军们，才能实现目标，可经历了无数次战斗的他，身体已经精疲力尽，四天王之一的贤将将他带回。在新反抗军基地中，雪儿为了投入研究，任命艾尔皮斯为指挥官。恢复后的赤色战神从雪儿那里得知，只有从能量水晶中提取到能量，解决能源危机方可和平，可艾尔皮斯我行我素，认为只有彻底击溃新·阿卡迪亚才能和平，并带领反抗军对新·阿卡迪亚进行大规模战斗，却以失败告终。基于这次打击，艾尔皮斯过分追求更为强大的力量，试图吸收婴儿精灵和黑暗精灵的力量成为无敌的存在，好在最后赤色战神成功阻止，艾尔皮斯也认识自身错误，被母亲精灵拯救，幻为电子精灵安详离去...
自上次战斗，黑暗精灵不知所踪。两个月后，赤色战神与雪儿与反抗军在大雪纷飞的雪原调查，与此同时，雪儿完成了对能源开发的研究，随着能量反应愈发强烈，他们找到了与黑暗精灵能量反应一致的破损飞船，赤色战神进入飞船深处后，伴着剧烈颤抖及破坏声，在此地的四天王中的斗将和妖将在与被新·阿卡迪亚放逐的恶魔机器人——Omega的战斗中深受重伤，赤色战神暂时击败Omega，待四天王之一贤将准备处决Omega时，突然100年前被新·阿卡迪亚驱逐的威尔博士出现，并带来了复制品X，其中赤色战神对威尔博士所说的"那个身体"引发思考。回到基地后，赤色战神下定目标，不能让新·阿卡迪亚得到黑暗精灵，之后，跟着模拟作战计划，逐步击败了威尔的手下八审官。在贤将的疑问下，复制品X表示威尔博士已经通过合法渠道回归新·阿卡迪亚，便准备朝人类居住区中Z-3079区发射承载着Omega的导弹，雪儿将赤色战神传送至导弹上，虽然打败了婴儿精灵，但导弹着陆，Omega被释放，且找到了黑暗精灵，黑暗精灵被Omega吸收。后来，赤色战神进入新·阿卡迪亚，复制品X以新·阿卡迪亚一切都为正确为理由与赤色战神进行战斗，被赤色战神击败后企图变身，不料被威尔博士设置了自毁程序，就此丧生。威尔博士却谎报复制品X被极端分子暗杀，跟据八号法令成为新·阿卡迪亚新的统治者。赤色战神从雪儿的分析结果知道了精灵战争与黑暗精灵的关系，忽然，威尔博士通过给Omega进行脑机接口控制了反抗军战士，正准备攻击雪儿与赤色战神之时，电子精灵X抑止了黑暗精灵的力量，这就给了赤色战神机会前往里·阿卡迪亚击败Omega的机会。即便Omega用的身体是赤色战神真正的身体，可赤色战神明白，就算身体是复制品，心是自己的，所以自己就是赤色战神，于是毫不犹豫地斩断Omega，最后，暗黑精灵的诅咒被打破，变回了母亲精灵，并把他带回了反抗军基地...
至此之后，赤色战神与反抗军继续为和平奋斗。途中，赤色战神帮助旅队阻挡了新·阿卡迪亚士兵的袭击并摧毁了高热原体，拯救了众人并认识了娜珠，众人将他们带回自己的基地卡车旅团中。随后，赤色战神战胜了八个威尔博士的手下及卡夫通。某次任务中，赤色战神发现了区域零，如往常不同，这里绿树成荫，没有一丝战争后的痕迹。人们为了逃离新·阿卡迪亚残暴的统治，决定离开，于是此地变成适宜人类居住的地方。可好景不长，威尔博士对他们的行为表示不满，以至于在作为新·阿卡迪亚实际统治者的时候实现暴政，压迫人类与雷普利机器人，就此，他策划了【诸神黄昏】行动，企图对人类的世外桃源区域零发射毁灭性的能量炮对其销毁，尽管人们提出质疑与不解，但赤色战神答应了X守护这个世界，义无反顾地到了诸神黄昏的要塞上。在威尔博士变为最终形态时，要塞早已在大气层，赤色战神坚定信念，击溃了威尔博士，诸神黄昏发生爆炸，在随着大气层的摩擦，整个诸神黄昏燃烧殆尽，碎片化作流星。伴随着雪儿的哭声，赤色战神的故事画上了句号。